福建农林大学微生物多样性等测序服务
网上竞价招标公告
项目概况：受福建农林大学委托，福建顺恒工程项目管理有限公司对福建农林大学微生物多样性等测序服务网上竞价公开招标，现欢迎的供应商前来参加。
一、项目基本情况
项目编号：福顺恒[2020]政招字第A-426号
项目名称：福建农林大学微生物多样性等测序服务
采购方式：公开招标
预算金额：255800元
包1：
合同包预算金额：255800元
投标保证金：5116元
采购需求：（包括但不限于标的的名称、数量、简要技术需求或服务要求等）
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合同包 |
品目号 |
品目名称 |
技术和服务要求 |
数量 |
预算 （万元） |
品目最高限价金额（万元） |
项目周期 |
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1
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1-1 |
微生物多样性 |
详见附件1 |
350项 |
0.028 |
9.8 |
详见附件1 |
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1-2 |
真核转录组测序服务 |
详见附件1 |
110项 |
0.087 |
9.57 |
详见附件1 |
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1-3 |
代谢组测序服务 |
详见附件1 |
90项 |
0.069 |
6.21 |
详见附件1 |
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合同包一最高限价：255800元 |
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附件1：
品目1：微生物多样性
1.多样性DNA提取、PCR及建库
1.1.针对提供环境样本进行DNA提取，通过Agarose凝胶电泳检测提供检测报告。针对检测合格后的土壤DNA样品，使用高保真Taq酶进行目标基因进行PCR扩增，然后使用Picogreen荧光计对PCR产物进行定量并均一化混匀，并进行文库构建，采用严格的文库质控，保证文库质量. 文库构建完成后，进行检测,无杂峰。使用QuantiFluor-S（promega公司）蓝色荧光定量系统对文库的有效浓度进行准确定量。样本评估合格后出现文库构建失败的情况，公司需要免费再次构建文库直至文库指控合格为止。
2.数据产出
2.1.测序平台：要求使用Illumina Miseq平台，已公开公布拥有相关的测序平台或拥有相关的代理资质。
2.2.使用Pair-end 测序，需保证PCR产物大小在300-500bp之间，文库质量良好，均一性高。针对普通细菌、真菌每个样本要求至少提供5万条clean tags，针对功能基因每个样本要求至少提供1万条clean tags，严格的数据质控标准，保证数据质量达到Q20>90%，Q30≥85%，碱基类型分布均匀且无分离现象（FastQC 软件检测）。若数据质量不合格，公司需要免费补测或重测直至数据质量符合要求。
2.3.公司负责fastq原始数据返还（产出比预期多的数据无偿为客户所有）。
2.4.数据质控标准：
（1）去除带接头的reads（reads中接头污染的碱基数大于5bp，对于双端测序。若一端受到接头污染，则去掉两端的reads）；
（2）过滤reads尾部质量值20以下的碱基，设置50bp的窗口，如果窗口内的平均质量值低于20，从窗口开始截去后端碱基，过滤质控后50bp以下的reads，去除低质量（质量值小于19的碱基占整条reads比例超过50% ）的reads，若一端为低质量reads，则去掉双端reads；
（3）去除含N的reads；
（4）根据PE reads之间的overlap关系，将成对reads拼接（merge）成一条序列，最小overlap长度为10bp，拼接序列的overlap区允许的最大错配比率为0.2，筛选不符合序列；
（5）根据序列首尾两端的barcode和引物区分样品，并调整序列方向，barcode允许的错配数为0，最大引物错配数为2。
3.结果交付
3.1.提供QIIME2交互式云平台交付结果
交付要求：
1、交互分析结果：
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分析模块 |
分析大类 |
分析内容 |
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一、数据信息管理 |
1.样本信息管理 |
样本信息统计 |
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2.Metadata信息管理 |
环境因子数据管理 |
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分组管理 |
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3.测序信息统计 |
测序数据统计 |
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样本数据统计 |
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序列长度分布 |
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二、物种注释与评估 |
1. ASV分析 |
分类学分析 |
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Rank-Abundance曲线 |
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2.Alpha多样性分析 |
多样性指数 |
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指数组间差异检验 |
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三、物种组成分析 |
1.物种Venn图分析 |
Venn图分析 |
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2.群落组成分析 |
群落柱形图 |
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群落饼图 |
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多级物种Sunburst图 |
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群落Heatmap图 |
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3.样本与物种关系 |
Circos样本与物种关系图 |
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4.Ternary三元相图 |
Ternary三元相图 |
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四、样本比较分析 |
1.Beta多样性分析 |
样本层级聚类分析 |
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样本距离Heatmap图 |
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(3D-)PCA主成分分析 |
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多维PCA分析 |
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(3D-)PCoA主坐标分析 |
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NMDS非度量多维尺度分析 |
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2.样本分组分析 |
ANOSIM相似性分析 |
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Adonis置换多元方差分析 |
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PERMANOVA分析 |
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PLS-DA偏最小二乘判别分析 |
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3.样本菌群分型分析 |
菌群分型分析 |
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五、物种差异分析 |
1.组间差异显著性检验 |
多组物种差异分析 |
|
两组物种差异分析 |
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两样本物种差异分析 |
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2.LEfSe多级物种差异判别分析 |
LEfSe多级物种差异判别分析 |
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3.MetagenomeSeq分析 |
MetagenomeSeq分析 |
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六、环境因子关联分析 |
1.VIF方差膨胀因子分析 |
VIF方差膨胀因子分析 |
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2.RDA/CCA分析 |
RDA/CCA分析 |
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3.db-RDA分析 |
db-RDA分析 |
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4.Mantel Test分析 |
(Partial) Mantel Test分析 |
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5.相关性Heatmap图 |
相关性Heatmap图 |
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6.排序回归分析 |
排序回归分析 |
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7.VPA分析 |
VPA分析结果 |
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8.MaAsLin分析 |
MaAsLin分析结果图 |
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9.Procrustes分析 |
Procrustes分析结果图 |
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七、关联与模型预测分析 |
1.模型预测分析 |
Random Forest分析 |
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ROC曲线分析 |
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2.Network网络分析 |
共现性网络分析 |
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单因素相关性网络 |
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双因素相关性网络 |
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八、进化分析 |
1.系统发生进化树 |
进化树图 |
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环形进化树图 |
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2.个性化系统发生进化树 |
进化树图 |
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环形进化树图 |
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九、16S功能预测 |
1.PICRUSt1功能预测 |
COG功能预测 |
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KEGG功能预测 |
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2.PICRUSt2功能预测 |
COG功能预测 |
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KEGG功能预测 |
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3.Tax4Fun功能预测 |
COG功能预测 |
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KEGG功能预测 |
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4.FUNGuiid功能预测 |
COG功能预测 |
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KEGG功能预测 |
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十、MicroPITA分析 |
1.MicroPITA分析 |
MicroPITA分析 |
2、分析参数要求：
（1）平台可以进行多参数调节（6种分类水平、至少25种以上距离算法、呈图配色、自由分组、分组合并等）
3.2.项目周期：样本质检合格后25~30个工作日/批次
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品目2：真核转录组
1. 实验流程
真核mRNA测序是基于Illumina Novaseq 6000（Illumina，美国）测序平台，对真核生物特定组织或细胞在某个时期转录出来的所有mRNA进行测序，测序实验采用Illumina TruseqTM RNA sample prep Kit方法进行文库构建，其操作流程图及仪器试剂如下图所示：
图 真核有参转录组实验流程
1.1 提取total RNA
从组织样品中提取total RNA，利用Nanodrop2000对所提RNA的浓度和纯度进行检测，琼脂糖凝胶电泳检测RNA完整性，Agilent2100测定RIN值。单次建库要求RNA总量≥1ug，浓度≥35ng/μL，OD260/280≥1.8，OD260/230≥1.0 。
1.2 Oligo dT富集mRNA
真核生物mRNA 3‘末端具有ployA尾的结构，利用带有Oligo（dT）的磁珠与ployA进行A-T碱基配对，可以从总RNA中分离出mRNA，用于分析转录组信息。
1.3 片段化mRNA
Illumina平台是针对短序列片段进行测序，富集得到的mRNA是完整的RNA序列，平均长度达几kb，因此需要对其进行随机打断。加入fragmentation buffer，可以将mRNA随机断裂，通过磁珠筛选分离出300bp左右的小片段。
1.4 反转合成cDNA
在逆转录酶的作用下，加入六碱基随机引物（random hexamers），以mRNA为模板反转合成一链cDNA，随后进行二链合成，形成稳定的双链结构。
1.5 连接adaptor
双链的cDNA结构为粘性末端，加入End Repair Mix将其补成平末端，随后在3’末端加上一“A”碱基，用于连接Y字形的接头。
1.6 Illumina 平台上机测序
1）文库富集，PCR扩增15个cycles；
2）2%琼脂糖胶回收目的条带；
3）TBS380（Picogreen）定量，按数据比例混合上机；
4）cBot上进行桥式PCR扩增，生成clusters；
5） Illumina 平台测序（PE文库，读长2×150bp）
2. 生物信息云分析
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分析模块 |
分析大类 |
分析内容 |
备注 |
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数据质控 |
测序数据统计 |
测序数据统计 |
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原始/质控数据统计 |
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序列比对分析 |
比对结果统计 |
比对结果统计表 |
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转录组质量评估 |
测序饱和度分析 |
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基因覆盖度分析 |
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Reads在不同区域的分布 |
|
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|
Reads在不同染色体的分布 |
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转录本组装 |
转录组组装概览 |
转录本长度分布统计 |
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基因/外显子与转录本关系 |
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新转录本预测 |
新转录本类型分布 |
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新转录本类型统计 |
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功能注释与查询 |
功能注释详情 |
功能注释详情 |
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|
功能注释统计 |
功能注释统计 |
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表达量分析 |
表达量统计 |
表达量分析 |
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样本间表达量分析 |
样本间Venn分析 |
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样本间相关性分析 |
|
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样本间PCA分析 |
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|
表达量差异分析 |
表达量差异分析 |
表达量差异统计 |
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基因集分析 |
Venn图分析 |
Venn图 |
默认按照差异表达获得的基因集进行分析，获得标准分析结果后可在云平台上自行操作。 |
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聚类分析 |
聚类热图 |
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功能注释分类 |
COG分类统计 |
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GO分类统计 |
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|
KEGG分类统计 |
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功能富集分析 |
GO富集分析 |
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KEGG富集分析 |
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GO富集有向无环图 |
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富集弦图 |
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|
表达相关性分析 |
表达相关性分析 |
|
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可变剪切分析 |
可变剪切分析 |
可变剪切事件统计 |
针对基因组完整的物种 |
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差异可变剪切事件详情 |
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|
差异可变剪切事件比较 |
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差异可变剪切事件模式图 |
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SNP/InDel分析 |
SNP/InDel注释详情 |
SNP/InDel注释详情表 |
针对基因组完整的物种 |
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SNP/InDel在不同区域分布 |
SNP/InDel在不同区域分布统计表 |
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SNP统计 |
类型和深度分布统计 |
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高级分析（自助分析） |
WGCNA |
数据预处理 |
样本要求15个样本以上，至少满足8个以上。 |
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模块鉴定 |
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模块分析 |
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可视化网路 |
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时序分析 |
时序表达趋势分析 |
仅适合于按照时间顺序取样的实验方案，至少3组（3个时间点）。 |
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|
时序差异分析 |
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|
GSEA分析 |
GSEA分析 |
|
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转录因子分析 |
转录因子预测 |
仅限植物和动物 |
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转录因子家族分析 |
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转录因子靶基因预测 |
仅限植物 |
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蛋白互作网络分析 |
蛋白互作网络构建 |
针对基因组完整且在STRING数据库收录的物种，若数据库中无该物种，可选择近源物种进行分析 |
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网路中心数系数分布 |
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网络节点度分布 |
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iPath分析 |
代谢通路整合分析 |
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3. 结果交付方式
交互式云平台交付，支持参数调整、图片修改、分组方案修改等交互式操作。
4. 项目周期
20-30个工作日。
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品目3：代谢组测序
1、实验方法
1. 精密移取100µl样品至1.5ml离心管中;
2. 加入400µl提取液(乙腈：甲醇=1:1)于样品中，加入20 µL内标(0.3 mg/mL,L-2-氯-苯丙氨酸，乙腈配制);
3. 涡旋混匀30s后，低温超声提取30min(5℃，40KHz);
4. 将样品静置于-20℃,30min;
5. 离心15min(13000g,4℃)，移取上清液，氮气吹干;
6. 100µl复溶液(乙腈：水=1:1)复溶，低温超声萃取5min(5℃，40KHz);
7. 离心5min（13000g,4℃,）,移取上清液至带内插管的进样小瓶中上机分析，每个样本分别移取20ul上清液混合后作为质控样本。
本次LC-MS分析的仪器平台为赛默飞公司的超高效液相色谱串联傅里叶变换质谱UHPLC -Q Exactive系统。
色谱条件：
色谱条件为：色谱柱为BEH C18柱（100 mm × 2.1 mm i.d., 1.7 µm; Waters, Milford,USA）；流动相A为水（含0.1%甲酸），流动相B为乙腈/异丙醇（1/1）（含0.1%甲酸）；流速为0.40 mL/min，进样量为2μL，柱温为40℃。
表3.1流动相洗脱梯度
|
Time (min) |
Flow rate (mL/min) |
A (%) |
B (%) |
|
0 |
0.4 |
95 |
5 |
|
3 |
0.4 |
80 |
20 |
|
9 |
0.4 |
5 |
95 |
|
13.0 |
0.4 |
5 |
95 |
|
13.1 |
0.4 |
95 |
5 |
|
16 |
0.4 |
95 |
5 |
质谱条件：
样品质谱信号采集分别采用正负离子扫描模式，离子喷雾电压。具体参数见下表：
表3.2 质谱源气参数及碰撞能
|
质量范围 |
M/Z |
70-1050 |
|
鞘气 |
Sheath gas flow rate(psi) |
40 |
|
辅助加热气 |
Aus gas flow rate(psi) |
10 |
|
离子源加热温度 |
Aus gas heater temp(℃) |
400 |
|
离子化电压（正极） |
IonSpray Voltage Floating(ESI+)(V) |
+3500 |
|
离子化电压（负极） |
IonSpray Voltage Floating(ESI-)(V) |
-2800 |
|
碰撞能 |
Normalized collision energy(V) |
20-40-60 |
质控样本（QC）由所有样本的提取液等体积混合制备而成，每个QC的体积与样本相同，用与分析样本相同的方法处理和检测，在仪器分析的过程中，每 5个分析样本中插入一个QC样本，以考察整个分析过程的重复性。
2 、生物信息云分析
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分析模块 |
分析内容 |
备注 |
|
表达量数据预处理 |
表达量数据预处理 |
|
|
样本比较分析 |
样本相关性分析 |
|
|
PCA分析 |
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代谢物注释信息 |
KEGG化合物分类 |
|
|
KEGG功能通路 |
|
|
|
HMDB化合物分类 |
|
|
|
代谢物总览 |
|
|
|
差异代谢物分析 |
差异代谢物总览 |
|
|
OPLS-DA分析 |
|
|
|
PLS-DA分析 |
|
|
|
代谢集分析 |
Vehn图 |
|
|
代谢物聚类分析 |
|
|
|
VIP值分析 |
|
|
|
代谢物相关性分析 |
|
|
|
KEGG化合物分类 |
|
|
|
KEGG功能通路 |
|
|
|
KEGG通路富集 |
|
|
|
HMDB化合物分类 |
|
|
|
iPath分析 |
|
|
|
ROC分析 |
|
3、 结果交付方式
交互式云平台交付，支持参数调整、图片修改、分组方案修改等交互式操作。
4 、项目周期
30-45个工作日。
合同履行期限：自合同生效之日起至合同约定的合同义务履行完毕。
本合同包：不接受联合体投标
二、申请人的资格要求：
有能力提供本招标文件所述货物及服务的，具有法人资格的境内供货商或制造商均可能成为合格的投标人。参与竞价的供应商必须符合《中华人民共和国政府采购法》第二十二条规定条件。本项目不接受联合体投标。
三、采购项目需要落实的政府采购政策：无
四、获取招标文件
1、凡愿意参加竞价的合格投标人请于2020年 11 月20 日～2020年 11 月 25 日（节假日除外），每天上午8:30～11:30，下午15:00～17:30，只需将营业执照复印件、领取标书登记表（格式详见下表）写明后将扫描件发至（873489882@qq.com）进行报名获取电子版网上竞价招标文件，未及时将上述两项资料发送至我公司，引起的一切后果由投标人自行承担。
2、网上竞价文件等资料每套0元人民币（招标代理机构只提供电子版网上竞价招标文件，不提供纸质网上竞价招标文件）。
|
投标保证金专用账户 |
开户名称：福建顺恒工程项目管理有限公司 |
|
开户银行：中国建设银行福州晋安支行 |
|
|
账 号：35001896407052506367 |
|
|
代理服务费账户 |
开户名称：福建顺恒工程项目管理有限公司 |
|
开户银行：兴业银行福州湖东支行 |
|
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账 号：118060100100013747 |
|
领取标书登记表
招标文件编号：_________________________________________ 项目名称：____________________________________________ 投标人公司名称：_______________________________________ 联系人：__________ E-mail：____________ 所投合同包号： ______________ 手机：__________ 电话：___________ 传真：______________________
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（二）进行网上注册及报名
投标人应在竞价平台（http://119.3.55.136:8200），且在报名截止时间前，完成公司注册。只有审核通过的投标人才有资格进行网上竞价。
五、提交投标文件截止时间、开标时间和地点
1、竞价起始时间： 2020 年 11 月 26 日 08:00:00
2、竞价截止时间： 2020 年 11 月 26 日 11:00:00
3、网上竞价网址（地点）：http:// 119.3.55.136:8200
六、公告期限
自本公告发布之日起3个工作日。
七、其他补充事宜：无
八、对本次招标提出询问，请按以下方式联系。
1.采购人信息
名 称：福建农林大学
地 址：福州市仓山区上下店路15号
联系方式：0591-83789499
2.采购代理机构信息：
名 称：福建顺恒工程项目管理有限公司
地 址：福州市鼓楼区西洪路363号4层、5层
联系方式：0591-83702826
3.项目联系人
项目联系人：陈霞
电 话：0591-83702826
福建顺恒工程项目管理有限公司
2020-11-20
